Nel marzo 2012, si ricandida alla carica di Sindaco per le elezioni amministrative del 6 e 7 maggio, successive alle dimissioni del sindaco precedente, ottenendo l’incarico.
Nel novembre 2015 Pizzarotti è nominato dall’ANCI presidente della Commissione Politiche ambientali, Territorio, Protezione Civile, Energia e Rifiuti.